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要检查手机短信是否被安全软件拦截，可以按照以下步骤操作。
1、查看手机设置：进入手机“设置”或“安全”选项，查找是否有安全软件或防火墙的设置，在这些设置中，可能会有一个“拦截”或“过滤”的选项，可以查看被拦截的短信记录。
2、查看短信应用：打开短信应用，查看短信是否都在收件箱中，如果被安全软件拦截，可能会在短信应用中有特殊标记或提示。
3、检查安全软件：如果手机安装了安全软件（如杀毒软件、隐私保护软件等），可以直接进入这些安全软件查看是否有拦截记录。
4、恢复误拦截的短信：如果发现有些短信被误拦截，通常可以在安全软件或短信应用中找到恢复选项，将误拦截的短信恢复到正常状态。
5、查看通知栏：部分安全软件在拦截短信时会在通知栏显示提示信息，可以在通知栏中查看是否有相关提示。
6、查阅软件说明或在线帮助：如果以上方法都无法确定，建议查阅所使用安全软件的说明或在线帮助，了解如何查看短信拦截情况。
如果通过以上方法发现确实有短信被拦截，可以根据实际情况选择允许或拦截某些特定的短信，为了保护个人隐私和信息安全，建议定期检查和更新手机的安全软件，并谨慎设置短信拦截规则，避免误拦截重要信息。